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為因應院區醫療量能擴增後的廢(污)水處理需求，本院積極提升整體環境品質，將原污水處理廠全面更新改建，使醫療廢水在排放前能達到更嚴格的水質標準，確保病患安全、維護公共衛生，同時落實環境永續理念。
本院的污水會依序經過以下流程：
攔污除油槽⇢利用擋板去除大型固型物、毛髮、棉布、塑膠、油脂等後，再讓污水進入調節池。
流量調整槽⇢避免同時間內污水量變動過大，造成生物處理槽負荷突增，影響處理功能，使污水能穩定進入後續單元。
接觸曝氣槽⇢利用曝氣系統讓微生物分解污水中的有機污染物，並維持微生物好氧性分解狀態。
生物沉澱槽⇢匯入沉澱槽的污廢水在此進行沉降，設施採傾斜設計，利於固態與較大懸浮物沉降。
中間水槽⇢作為緩衝與儲存空間，再將槽內污水抽送至石英砂過濾桶進行過濾。
過濾設施⇢利用石英砂濾材進行過濾，以降低懸浮固體(SS)數值。
消毒槽⇢將前單元處理後的水在本單元加藥(次氯酸鈉)進行消毒。
放流槽⇢將經污水系統處理後的污廢水排放，並確保符合排放標準。
除臭系統⇢本廠設有臭氣洗滌設備，將各單元產生的臭氣經洗滌處理後再排放，以降低污水廠異味。
污泥處理也全面升級，污泥會經由「污泥貯留槽 → 污泥消化槽 → 脫水機」處理後減少水分與體積，再依規定進行後續處置，避免造成環境負擔。
此外，本院污水處理廠每半年定期進行放流水檢測，監測項目包括水溫、PH值、懸浮固體、化學需氧量(COD)、生化需氧量、大腸桿菌群、溶氧量及油脂，確保每一滴排出院區的水都乾淨並符合水質相關標準。