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首先，比須先了解正常黏膜有Z-line顏色區分不同上皮，一般來說呈現分明涇渭分明環形結構，本質上就是胃腸道黏膜化生。在內視鏡的視野下，若胃與食道上皮出現如鮭魚色的柱狀上皮黏膜，向上延伸取代了粉白色的鱗狀上皮所在的位置就得合理懷疑,當然，黃金標準必須端賴病理佐證。至於那些沒有接受切片或切片結果無法確認，如此會建議經由專門的內視鏡醫師，會建議一年內再次接受胃鏡切片評估。

目前依台灣健保規定，病理切片確診為巴瑞氏食道的患者可以給付一年期限的強力制酸劑(質子幫浦抑制劑（PPI）)，這是目前用於胃食道逆流特效藥；若是一般的逆流性食道炎則最多給付四個月。因此當內視鏡有懷疑，按照國際標準積極切片對患者不僅可以評估預後，也可以讓患者得到更好的治療。

巴瑞氏食道主要和體質有關，不必然有明顯胃食道逆流症狀。長期服用 PPI主要可以緩解症狀外主要還是減少胃酸對黏膜的破壞。或許追蹤後無法消除巴瑞氏食道。一旦發現藥物治療一年後仍有低度以上的化生不良情形，除飲食生活型態調整及內視鏡繼續追蹤以外，就得考慮開始安排內視鏡治療。目前內視鏡的相關技術日新月異，除了內視鏡切除（EMR 或 ESD），射頻燒灼（RFA）和氬氣電凝（hybrid APC）都有相當不錯的效果，但現階段耗材還是屬於自費項目。 針對個案程度跟本身接受度做適當的選擇，當然治療的重點會放在潛在有癌前病變(dysplasia)或早期癌(early esophageal cancer)等，處置後還是需要長期追蹤，建議要與內視鏡專家詳細討論風險和必要性後，再來選擇最適合的處理方式。